秋に入り盛んに肥大してきたサトイモは、晩秋の寒さで生育が止まります。霜が降りる直前もしくは1回ぐらい薄霜に見舞われたころが収穫の適期になります。これより遅れると品質を損ねるだけでなく、貯蔵の日持ちが悪くなってしまいます。
　収穫するには、あらかじめ葉柄を地上4～5cmぐらいの高さでかまで刈り取り、株の側方にくわを打ち込んで子芋を外さないように株全体を掘り上げます。すぐ利用する場合はその場で、すべての子芋、孫芋を親芋から取り外します。多数の株を効率良く外すには、株の一部の子芋を取り除き、側方から大きいビール瓶で強く打つと、よく外れ落ちてくれます。
　貯蔵する場合には、子芋を外さないように、特に注意して取り扱いましょう。外れてしまうと、その傷口から傷み始めてしまうので、故障株が多くなってしまいます。そして排水の良い畑を選んで、図のように幅40～50cm、深さ50～60cmの貯蔵穴を掘り、掘り起こした根株を丁寧に集め、刈り口を下方に向けて積み重ねて詰め込みます。これを反対に上向きに詰めてしまうと、子芋が親株から離れやすく、傷口から腐敗することが多くなります。
　貯蔵穴に全部詰め終わったら、その上に雨が直接染み込まないように、稲わら、麦わら（カヤが得られれば最良）などで覆い、5～6cmの厚さに覆土しておきます。さらに厳寒期に入ったころに10～15cmの覆土を追加して寒さから守るようにします。
　なお関東南部以西の平たん地の温暖な所では、自家用の種芋の確保程度の貯蔵であれば、畑に置いたまま収穫せずに、あぜの上に大きく土を盛り上げたまま、あるいはその上に若干の防寒被覆を行う程度で、十分越冬させることができます。